水科院首席科學家、淡水漁業中心楊健研究員于2004年11月21日開始執行日本東京大學海洋研究所和淡水漁業研究中心的漁業水域生態環境的監測與保護合作研究；在院、中心領導和相關部門的關懷和支持下，順利完成了相關研究工作，于11月24日按時返回淡水漁業研究中心。 在合作期間，楊健研究員在合作專家宮崎信之教授的支持下，較為全面地研究了環境激素類化合物-有機錫在淡水污染指示動物背角無齒蚌及海洋指示動物白胸擬鼠海豚體內的生物積累、可能的代謝途徑和能力、所反映的環境背景值和監測效果等內容，取得了大量高水平的結果。另外，在合作專家塚本勝己教授、新井崇臣副教授的協助下，進一步開展了利用電子探針儀通過耳石中微量元素的“環境指紋”，研究長江口水域洄游性經濟魚類（特別是刀鱭、鳳鱭等）生活史過程中的環境變化、群體組成、洄游特征的嘗試，為今后利用該先進技術，大規模準確研究長江洄游性經濟魚類孵化、發育、生長、繁殖等階段中所在水環境的變化履歷、洄游啟動的環境因子、洄游過程中可能受環境污染脅迫的程度和上述結果在相關資源增養殖和物種保護方面的應用等打下了堅實的基礎。此外，他還一絲不茍地兼顧國內的科研及研究生培養工作，亦取得了豐碩成果。期間他及其項目組成員和學生共有15篇國內一級學報論文、12篇SCI雜志論文和3篇其它國內學術論文刊出或被正式接受。 在合作期間，楊健研究員還和相關領域許多重要的機構和學者們進行了廣泛地交流。先后參加了5次重要的學術會議，訪問了美國加州大學斯克利普斯海洋學院、國家西南漁業中心；日本水產綜合研究中心本部、中央、西海區、瀨戶內海區3個水產研究所、伯方島、宮古2個栽培漁業中心；九州大學農學研究院、愛媛大學沿岸環境科學研究中心；海洋生物環境研究所等。他還邀請東京大學海洋研究所宮崎信之教授、日本國立極地研究所內藤靖彥教授等研究者5人次，訪問淡水漁業研究中心和長江水產研究所，在進行深入交流的同時，和相關的學術骨干開展了利用數據記錄儀研究中華鱘晝夜活動規律的預研究，取得了大量第一手資料。 楊健研究員此次赴日本進行合作研究，在走出去和請進來方面均取得了較為滿意的結果，為今后和上述機構和學者開展進一步的科研合作打下堅實的基礎。