日前,由淡水漁業研究中心傅洪拓研究員領銜的水科院淡水蝦蟹遺傳育種創新團隊在青蝦低氧應激研究領域取得重要進展,相關成果論文“Integrated Metabolomics and Transcriptomic Analysis of Hepatopancreas in Different Living Status Macrobrachium nipponense in Response to Hypoxia”發表于期刊《Antioxidants》(JCR二區TOP,IF=7.675)上。
青蝦耐低氧能力極差,在養殖以及運輸過程中極易因缺氧而導致死亡,因此,對青蝦耐低氧分子機制開展的研究對青蝦產業發展壯大的重要性不言而喻。針對上述問題,團隊以日本沼蝦為研究對象,結合缺氧時不同生理狀態(存活、瀕死和死亡)下日本沼蝦的肝胰腺代謝組和轉錄組進行比較分析,分別發現了108、86和48種差異表達代謝物(differentially expressed metabolites,DEM)。通過分析發現了32種共有DEM,通過對共有DEM的篩選和低氧應激相關基因聯合分析,鑒定出12個低氧應激相關基因。其中,GTP磷酸烯醇丙酮酸酯羧激酶(PEPCK)是唯一在轉錄組和代謝組中排名均靠前的差異表達基因,因此,它被認為在調控青蝦缺氧應答過程中發揮重要作用。該研究填補了缺氧轉錄組分析片面性的缺口,并從代謝物中反向推斷出幾個與缺氧相關的新基因。本研究有助于說明缺氧脅迫下日本沼蝦相關的分子過程。

圖1 所有樣品的PCA分析(A);死亡組(B)、瀕死組(C)、存活組(D)的PCA分析

圖2 日本沼蝦三種代謝物差異比較圖:(A)對照組和死亡組,(B)對照組和瀕死組,(C)對照組和實驗組

圖3 在日本沼蝦中不同組代謝物的維恩圖(A)和比較三個差異代謝物的表達(B)。
該項研究得到了藍色糧倉重點研發計劃(2018YFD0901303)和水科院基本科研業務費項目(2020TD36)等項目的支持。淡水中心水產遺傳育種研究室博士研究生許蕾為第一作者、傅洪拓研究員為通訊作者。
全文網址:https://www.mdpi.com/journal/antioxidants。
(水產遺傳育種研究室 供稿)