日前，中國水產科學研究院淡水漁業研究中心傅洪拓研究員團隊與華大海洋研究院石瓊研究員團隊合作，完成了染色體水平青蝦基因組圖譜拼裝，該項工作是青蝦和蝦蟹類基因組研究的重要突破。研究結果已于2021年1月18日在線發表在GigaScience，淡水漁業研究中心金舒博博士等為第一作者，傅洪拓研究員等為通訊作者。

圖1-青蝦

研究團隊依托江蘇省水產三新工程“基于全基因組測序的青蝦種質資源和功能基因挖掘（D2015-16）”等項目的資助，對青蝦進行全基因組測序和拼裝。由于青蝦基因組約為4.57Gb,屬于養殖蝦蟹類中已知基因組最大的，同時雜合度較高，因此基因組拼裝面臨諸多困難。自2015年起，、研究團隊開展了青蝦全基因組二代Illumina測序、三代Pacbio測序及Hic測序，測序總量超過1500G。歷時5年攻關，最終完成了染色體水平青蝦全基因組圖譜拼裝。拼裝的青蝦基因組總長4.5G，Scaffold N50為86.8 Mb，BUSCO值達到92.6%；結合HIC文庫，組裝出49條青蝦染色體；全基因組共預測到了44，086個蛋白編碼基因，其中39,317個基因被功能注釋，挖掘性別相關基因21個；通過4dTv分析發現，青蝦在大約1億年前經歷過一次全基因組復制（WGD）事件；基因組進化分析顯示青蝦與L. vannamei和P. virginalis的共同祖先在大約3.27億年前分離。

圖2-系統發育樹和4dTv研究結果

圖3-青蝦性別相關基因的染色體分布

青蝦是我國重要的淡水養殖蝦類，全國年養殖產量超過20萬噸，年產值約200億元，青蝦養殖已成為農業增效、農民增收的重要途徑。染色體水平青蝦全基因組圖譜的完成，可為青蝦重要功能基因挖掘、分子育種、性別控制機制等研究提供強有力的背景支持，具有重要的學術價值和產業應用前景。

（水產遺傳育種研究室 供稿）